Autore: COST Action CHARME

02/03/2020, Si è svolta a Bruxelles la conferenza finale di un progetto finanziato dalla Comunità Europea per la promozione dell’uso degli standard per il miglioramento della qualità e la valorizzazione della ricerca biologica e medica in Europa (CHARME – for the Competitiveness of European life-science research).

Gli standard, importanti motori della ricerca nelle scienze della vita

Gli standard rappresentano importanti motori per l’innovazione e il trasferimento tecnologico della ricerca perché garantiscono la qualità dei dati, la loro accessibilità, condivisione e riproducibilità.

Il network CHARME, coordinato dalla Dott.ssa Susanne Hollmann e composto da 31 diversi paesi europei, ha l’obiettivo finale di sviluppare le linea guida per l’implementazione di un piano strategico europeo per un’adozione consapevole, armonica ed efficace degli standard nel campo della ricerca molecolare.

Grazie al contributo dei diversi membri provenienti dal mondo accademico, da diverse istituzioni di ricerca e da piccole e medie imprese biotecnologiche, nei suoi quasi quattro anni di attività il network CHARME ha attratto, interagito e collaborato intensamente con organizzazioni internazionali come ISO TC 276, CEN/CENELEC, con iniziative e organizzazioni scientifiche come ELIXIR, ORPHANET, COMBINE, FAIRDOM e GA4GH.

Per armonizzare le attività con gli sforzi compiuti al di fuori dell'Europa, CHARME è stata sostenuta dall'associazione COST anche per l’organizzazione di un workshop congiunto con la Massive Analysis e QC (MAQC) Society degli Stati Uniti.

Durante questo incontro entrambe le comunità hanno discusso temi fondamentali della ricerca legati alla riproducibilità dei dati relativamente all’uso di tecnologie di apprendimento automatico (machine learning) e dell’uso degli standard.

I risultati raggiunti da questa e dalle altre attività sono molteplici e hanno introdotto alcuni concetti e definizioni di base che supportano una migliore comprensione e consapevolezza della necessità di nuovi sviluppi in diversi campi e non da ultimo ma anzi prioritario, nel campo della formazione delle nuove generazioni di ricercatori.

Una delle sfide individuate: digitalizzazione e interoperabilità dei dati

Una sfida individuata è la digitalizzazione e l'interoperabilità dei dati e degli strumenti usati sia per ricerca in laboratorio che per quella computazionale. Vi è infatti un'urgente necessità di linguaggi e ontologie comuni per consentire il riutilizzo dei dati e l'automazione dei processi a partire dalle fasi iniziali della ricerca, dalla progettazione alla produzione del dato, sia questo di laboratorio o proveniente da analisi computazionali o derivante dalla combinazione di entrambi.

Questo diventa una sfida ancora più grande se i ricercatori lavorano, come oggi accade molto più di frequente, con dati di grandi dimensioni derivati da studi di diversa natura (omici, chimici, biochimici, di geo-localizzazione, di bio-imaging, etc.) Gli strumenti ad oggi utilizzati che sopperiscono in parte a queste necessità sono strumenti di annotazione elettronica dei dati e delle procedure di laboratorio.

Purtroppo, l'interoperabilità tra gli strumenti di questo tipo è attualmente limitata. Vi è quindi la necessità di sviluppare delle soluzioni che possano consentire il trasferimento dei dati da un sistema all'altro per consentirne sia l’interscambio tra laboratori diversi sia il riutilizzo di quelli depositati presso le banche dati pubbliche.

La formazione come strumento indispensabile per una ricerca di qualità

Per quanto riguarda la formazione, CHARME ha agito su più fronti. Uno è quello rappresentato dalla presentazione in diverse conference e workshop internazionali di possibili soluzioni per l’integrazione all’interno dei programmi esistenti di istruzione e formazione di moduli specifici dedicati all’uso degli standard nella ricerca scientifica biologica e medica. Dall’altro canto, utilizzando gli strumenti offerti dal programma COST, CHARME ha realizzato un suo programma di formazione attraverso l'organizzazione di eventi tematici di discussione, scuole di formazione e una numerosa serie di “Short Term Scientific Mission” (STSM).

In particolare CHARME ha dato l’opportunità a 15 giovani ricercatori, provenienti da 12 diversi paesi membri, di essere ospitati presso centri di ricerca e università di 7 paesi membri, per svolgere un breve periodo di formazione presso gruppo di eccellenza nei campi specifici.

Il risultato in questo caso è stato eccellente, avendo dato luogo a nuove collaborazioni, tesi di master e a nuove idee progettuali, il tutto riflesso in una serie di pubblicazioni scientifiche. Che saranno a breve rese disponibili a tutti.

I giovani ricercatori che hanno partecipato alla prima scuola di formazione, organizzata nel 2017 in Svezia, sono stati così motivati che hanno poi chiesto e avviato altre iniziative simili per approfondire alcuni specifici aspetti correlati all’uso degli standard per l’analisi dei cosiddetti “Big Data” con diversi tipi di tecnologie.

Tutti gli studenti intervistati rispetto al grado di soddisfazione sia per l’esperienza nelle scuole di formazione che di STSM hanno sottolineato l’importanza di poter usufruire di questi strumenti per la loro formazione professionale e umana.

I risultati di CHARME saranno oggetto a breve di una pubblicazione che, descrivendo i vari aspetti correlati all’uso degli standard ai diversi livelli del processo produttivo della ricerca, fornirà anche un catalogo di requisiti e raccomandazioni.

Questo rappresenterà uno strumento utile per i responsabili delle decisioni (decision makers), primo tra tutti la Commissione Europea, per lo sviluppo di una strategia unitaria ed efficace per facilitare il processo di ’adozione degli standard nel flusso di lavoro quotidiano della ricerca biologica sia nel mondo accademico che in quello industriale.

La COST Action CHARME, che si conclude questo mese, ha offerto ai suoi membri un’opportunità unica per potersi confrontare con la comunità scientifica e industriale a diversi livelli.

Questo ha consentito di raccogliere e schematizzare una serie di necessità che hanno assolutamente bisogno di essere soddisfatte per rendere la ricerca europea competitiva ed efficace. Quello che i membri CHARME si augurano adesso è che il loro lavoro possa ispirare presto altre azioni nella stessa direzione.